1 包裝材料
食品包裝有害物質殘留主要來源于包裝材料，特別是包裝印刷過程中使用含苯、正己烷、鹵代烴等有害化工材料作主要原料的油墨、溶劑所致。而且，這類富含有害物質的油墨、溶劑在生產過程中還會引起操作工人的急性、慢性中毒，既影響勞資雙方的合作關系，也嚴重影響社會穩定。
食品軟包裝材料主要有聚乙烯、聚丙烯、聚酯、聚酰胺等高分子材料。這些包裝材料因本身分子結構和成型工藝及所加助劑不同而表現出較大差異。因此，對于食品廠家來說選擇一種適合自己產品的包裝材料尤為重要，否則就會出現食品安全問題。例如，因材料阻隔性差，就會縮短液態奶的保質期甚至短時間內引起變質等，而對于保鮮膜來說如果沒有適量的透氣量又無法保證蔬菜的新鮮。PVC保鮮膜本身對人體的潛在危害主要來源于兩個方面：一是PVC保鮮膜中氯乙烯單體殘留量超標，二是PVC保鮮膜加丁過程中使用DEHA增塑劑，遇上油脂或加熱時，DEHA容易釋放出來，隨食物進入人體后有害健康。
雙酚A是一種普遍應用在塑料食品包裝材料中的化學物質，在錫罐內涂層和粘合劑中也在使用。塑料食品包裝中的雙酚A在加熱后可融入食品，它具有類雌激素的功能。前不久美國研究人員通過動物實驗發現，雙酚A可能會增加女性患乳腺癌的危險。
2 印刷油墨
食品包裝膜對油墨的要求除了具有一般的與基材結合力、耐磨性外，還要能夠耐殺菌和水煮處理要求，及耐凍性、耐熱性等以保證在運輸、存儲過程中不會發生油墨脫落、凝結等現象。
意大利有關部門在抽樣檢測后發現雀巢嬰兒牛奶中存在微量感光化學物質——異丙基硫雜蒽酮。這種物質本來存在于嬰兒牛奶包裝盒的印刷油墨中，可能是微量的油墨滲透到嬰兒牛奶中。國內也曾出現過印刷油墨污染食品的事件。2005年甘肅某食品廠發現生產的薯片有股很濃的怪味，廠方立即把已經批發到市場的600多箱產品全部收回。經過蘭州大學化學實驗室的檢測，認為怪味來自食品包裝袋印刷油墨里的苯，其含量約是國家允許量的3倍。苯的殘留量如果超標，有可能引起癌癥和血液系統疾病。
目前大多數油墨本身含苯，只能用含有甲苯的混合溶劑來進行稀釋，如果企業在生產食品包裝袋時使用了純度較低的廉價甲苯，那么苯殘留的問題會更加嚴重。問題在于相關標準對食品包裝材料的苯含量雖然作了限量規定，但是，限量控制對企業來說很難做到。原因在于，苯的檢測費用頗高，一個包裝檢測就要花1000多元。
3 印刷輔料
食品包裝印刷污染已經成為食品二次污染主要原因之一。一直以來被公認為是致癌物質的苯類，目前主要用于復合包裝材料粘合劑和塑料印刷油墨的溶劑。由于在印刷過程中苯類溶劑揮發不完全，有可能造成苯類物質在包裝材料中殘留。在食品包裝過程中，苯類物質滲透到食品中，從而造成對食品的污染。
據統計，2004年，我國規模化廠家生產的食品及藥品包裝用塑料油墨中，其中用于BOPP膜印刷的氯化聚丙烯油墨的含量占到60％以上，而該體系的油墨溶劑和稀釋溶劑中，苯類溶劑的含量一般占到50％左右，不但危害人類身體健康，而且影響到我國食品包裝業，甚至整個食品工業的健康發展。殘留在包裝內的苯類溶劑，易被包裝內的食品吸附，導致食品污染。雖然苯溶油墨在印刷時通過于燥可去除絕大部分甲苯溶劑，但是由于油墨中的顏料吸附力強，仍易產生殘留。
2006年3月，在中國包裝聯合會塑料包裝委員會召開的食品塑料包裝材料衛生安全座談會上，參會代表一致認為，我國食品塑料材料包裝的安全形勢非常嚴峻，市場上很多食品塑料包裝材料難以符合國家對食品安全、衛生和環保方面的要求。苯類溶劑的毒性較大，如滲入皮膚或血液會隨血液危及人的血球及造血機能，損害人的神經系統，導致白血病發生，美國FDA將它列為可致癌化學品。因此，在美國、西歐以及日本等發達國家明文規定在食品包裝印刷中禁止使用苯類溶劑。而相反，我國至今沒有明確的規定。在食品包裝薄膜、制袋生產中，油墨和粘合劑的溶劑普遍使用苯類（甲苯、二甲苯）溶劑，沒有管理和監督，目前已到了有關部門應該下決心嚴加管理的地步。
4 印刷工藝
我國日前的食品包裝袋基本上以凹印為主，在超市里所見到的各種各樣的食品包裝袋，包括餅干、糕點、奶粉等包裝，也基本上采用氯化聚丙烯類油墨印刷的居多。而歐美等國家大都采用柔印為主，柔印在網點表現上比凹印稍遜一籌，印刷質量稍遜，但是在環保方面卻占盡先機。在我國，柔印等環保技術在市場上的接受度并不高。因為柔印采用的是凸印原理，比起濃油重彩的凹印，相對上色油墨較少，比較薄，著色度也不是很高，從亮度上來講不及凹印鮮亮。
近年來，由于食品包裝中有害物質殘留過高，食品因此被污染而引起中毒的事件頻頻發生，給創建和諧社會帶來諸多不利因素。2004年9月，國家質檢總局公布的食品包裝（膜）抽查結果表明，除一般的塑料袋外，專用的食品包裝袋抽檢不合格率高達15％。近幾年各地包裝袋的抽樣合格率普遍偏低，合格率只有50％—60％。有關方面必須盡快加強油墨、膠粘劑、印刷、復合加工新技術、新工藝的研究，生產出安全、環保的食品包裝產品
